주니어 보딩스쿨은 일반적으로 두 종류로 구분되는데, 첫 번째는 미국의 5~6학년부터 고등학교 1학년인 9학년까지 학제가 있는 학교와 두 번째는 초등학교나 중학교에서 고등학교 12학년까지 학제가 있는 학교들이다. 보통 미국 주니어 보딩스쿨이라면 첫 번째를 이야기 한다.

두 번째 12학년까지의 보딩스쿨들 보다 숫자는 많이 적지만, 미국의 명문 주니어 보딩 스쿨 대부분은 첫 번째에 속해 있다. 이들 학교는 학교에 따라서 기숙사에서 생활하는 학생 비율이 40~80%로 다양하다. 이들 학교가 명문으로 인정받는 것은 상급학교인 명문 보딩스쿨 입학률이 높기 때문이다. 이들 학교의 명문 보딩스쿨 입학률이 높은 것은 역시 오래된 전통 때문이다. 미국 명문 보딩스쿨이 아이비리그라고 불리는 대학들과 100년 이상 밀접한 관계를 유지해 오고 있기 때문에, 입학률이 높은 것과 마찬가지다.

이와같이 대표적인 명문 주니어 보딩 스쿨로는 해외유학공사의 홈페이지 메뉴 [주니어 보딩스쿨]에 소개한 바와 같이 베먼트(Bement), 페센든(Fessenden), 카디건 마운틴(Cardigan Mountain), 이글브룩(Eaglebrook), 페이(Fay), 인디안 마운틴(Indian Mountain), 럼지 홀(Rumsey Hall)스쿨 등이 있다. 이들 학교 가운데 카디건 마운틴, 이글브룩, 페센든 스쿨은 남자 학교이다.

이들 학교의 또 다른 특징 가운데 하나는 일반적으로 입학 마감일이 정해져 있지 않다는 것이다. 대부분 평소에 원서를 써놓고 대기하고 있는 방식(rolling)이다. 최근에는 이들 학교의 인기가 많이 높아지면서 입학하기가 점점 어려워지고 있다. 특히 학교 성적만큼 부모님과 학생 인터뷰가 입학의 당락을 좌우하기도 한다.

유치원이나 초등학교부터 12학년까지 학제가 있는 학교들 중 대표적인 학교들로는 토마스 제퍼슨(7~12학년), 그로튼(8~12학년) 등이 있다. 앞서 언급한 첫 번째 9학년제 보딩스쿨들은 대부분 중학교 과정 밖에 없기 때문에 학생들을 좋은 고등학교에 보내기위해 진학지도를 열심히 한다. 하지만 두 번째 12학년까지의 학교들은 고등학교 과정까지 운영되고 있기 때문에 9학년의 보딩스쿨들과 비교해 진학지도에 약간 소홀하며 수준도 조금 떨어지는 경향이 있다.